De 20-jarige Kongolo sloot zich in 2015 aan bij de jeugdopleiding van Genk. Op 12 mei 2023 maakte hij zijn profdebuut in een wedstrijd in de Challenger Pro League met Jong Genk, de U23-ploeg van Racing. Vervolgens debuteerde hij in het eerste elftal tijdens het seizoen 2023-2024. Dat gebeurde op 26 mei 2024, op de laatste speeldag van de Champions’ Play-offs, in een met 2-0 verloren wedstrijd tegen Union Sint-Gillis.
De jonge centrale verdediger maakte zich vorig seizoen definitief los van Jong Genk en sloot aan bij de A-kern. Hij kwam toen in 17 wedstrijden in actie. Dit seizoen heeft hij zich onder trainer Jesse Thorup opgewerkt tot een vaste waarde in de basiself. Kongolo stond in alle acht competitiewedstrijden aan de aftrap, scoorde twee doelpunten en verzamelde het maximum van 720 speelminuten.
Tijdens de meest recente interlandperiode maakte hij deel uit van de Belgische U21-selectie die zich kwalificeerde voor het EK U21 van 2027.
