Kongolo, 20 ans, avait rejoint le centre de formation de Genk en 2015 et a fait ses débuts professionnels le 12 mai 2023 lors d’un match de Challenger Pro League avec le Jong Genk, les U23 du Racing. Il a ensuite fait ses débuts en équipe première lors de la saison 2023-2024 dans une défaite 2-0 à l’Union le 26 mai 2024 lors de la dernière journée des Champions Playoffs.
Le jeune défenseur central s’est définitivement installé dans le noyau A la saison dernière, jouant 17 rencontres. Cette saison, il s’est érigé comme un titulaire dans le onze de Jesse Thorup avec huit titularisations en autant de rencontres (2 buts) et un maximum de 720 minutes disputées.
Lors de la dernière fenêtre internationale, il a fait partie de la sélection des espoirs belges qui s’est qualifiée pour l’Euro U21 2027.
